Wetar có chiều rộng đông-tây là 130 km, và chiều rộng bắc-nam là 45 km. Đảo có diện tích 3600 km². Bao quanh đảo là các rạn san hô và những vùng biển sâu. Cao độ lớn nhất trên đảo là 1412 m.

Wetar là một phần của một chuỗi đảo núi lửa bao gồm các đảo khác của quần đảo Barat Daya và quần đảo Banda, được tạo thành do sự va chạm của mảng Ấn-Úc và Mảng Á-Âu. Tuy nhiên, đảo Wetar không phải là chủ yếu có nguồn gốc từ núi lửa, thay vào đó là vì vỏ đại dương được nâng lên do va chạm mảng. Núi lửa dạng tầng Gunungapi Wetar tạo thành một hòn đảo cô lập ở phía bắc của Wetar.[1]

Có một số mỏ vàng tại Wetar, chũng bị quản lý yếu kém và tạo thành mối quan tâm về mựt môi trường.[2]

Cùng với các hòn đảo lân cận khác, Wetar tạo thành một phần của Wallacea, một khu vực có nước biển sâu tách khỏi cả hai thềm lục địa châu Á và châu Úc. Khu vực này được biết đến với các loài động vật khác thường, và Wetar không phải là ngoại lệ. Đảo có 162 loài chim, ba trong số đó là loài đặc hữu và bốn trong số đó là loài nguy cấp. Mưa dựa phần lớn theo mùa dưới ảnh hưởng của gió mùa, và các đảo hầu hết được bao phủ với rừng lá rộng nhiệt đới khô một phần rụng lá, với nhiều loài cây xanh rụng lá trong mùa khô. Đảo tạo thành một phần của hệ sinh thái rừng rụng lá Timor và Wetar.